Il comprensorio si sviluppa attorno al massiccio del Monte Generoso dal quale si originano la Val Mara sino al Sighignola a nord e la Valle di Muggio a Sud.
Il territorio è ricco di boschi e di prati che dalle quote più alte si spingono sino ai nuclei dei villaggi e concorrono a formare un mosaico di ambienti di grande valore naturalistico e paesaggistico.

Il Monte Generoso, durante le ultime glaciazioni, si ergeva in mezzo ad un mare di ghiaccio come un’isola. Le specie che vi trovarono rifugio si differenziarono da quelle presenti nelle zone circostanti. In particolar modo alcune di esse (piccole farfalle, coleotteri e una lumaca) le ritroviamo solo in questo territorio e in nessun’altra parte del mondo.

Le condizioni climatiche insubriche, caratterizzate da estati calde, inverni miti e precipitazioni abbondanti ma regolari durante tutto il periodo vegetativo, come pure il substrato calcareo e il mosaico di ambienti, hanno favorito lo sviluppo di una vegetazione che conta circa 800 specie (una delle più preziose del Canton Ticino).
La vegetazione forestale copre la maggior parte della Valle di Muggio. Si tratta quasi esclusivamente di boschi caratterizzati da una notevole ricchezza floristica. Nella fascia inferiore (orizzonte collinare-submontano) le specie arboree dominanti sono il castagno, il frassino, il tiglio, la betulla, l'ontano, il ciliegio e il carpino comune. Degni di nota sono il carpino nero, l’orniello, il bagolaro e il cerro poiché esclusive nel Sottoceneri oltre che in alcune valli dei Grigioni italiani. Nello strato arbustivo compaiono il nocciolo, l'acero campestre, il maggiociondolo, il corniolo, l'agrifoglio, il pungitopo ed altri ancora. Dello strato erbaceo conviene ricordare: ciclamino (Cyclamen purpurascens), giglio martagone (Lilium martagon), primula acuale (Primula acaulis), elleboro verde (Helleborus viridis) e altri.

Altri
Aruncus dioecus, Salvia glutinosa, Hepatica nobilis, Lathyrus vernus, Pulmonaria officinalis, Melittis melissophyllum

Nella fascia superiore (orizzonte montano), che costituisce il limite superiore della foresta, domina incontrastato il faggio, il farinaccio (Sorbus aria) e il tiglio. Troviamo però anche considerevoli esemplari di noce comune e di sorbo degli uccellatori.

Fra le superfici prative distinguiamo i prati grassi e i prati magri. Nei prati grassi, che sono falciati una o due volte l'anno oltre che concimati, si rileva la presenza
di centaurea (Centaurea nigrescens), carota selvatica (Daucus carota), margherita (Leucanthemum vulgare), piantaggine (Plantago lanceolata), acetosa (Rumex acetosa), salvia comune (Salvia pratensis), geranio selvatico (Geranium sylvaticum) e altre specie.
I prati secchi e magri invece non sono concimati ma più o meno regolarmente falciati o anche solo pascolati. Su queste aree, minacciate dall’abbandono, dal successivo rimboschimento o dall’uso agricolo intensivo, si è sviluppata una flora di grande valore naturalistico.

Flora dei prati secchi
Fra le numerosissime specie presenti segnaliamo Inula hirta, Phyteuma orbiculare, Prunella grandiflora, Pulmonaria australis, Asperula aristata, Aster alpinus, Centaurea scabiosa, Dianthus carthusianorum, Polygala pedemontana, Teucrium montanum, Gentiana acaulis e Gentiana clusii.
Compaiono anche numerose piante rare e spesso protette come Silene saxifraga, Dianthus monspessulanus, Pedicularis gyroflexa, Ophrys insectifera Orchidacea, Achillea clavenae, Narcissus verbanensis, Lilium bulbiferum ssp. croceum e altre ancora.
Vere e proprio attrazioni botaniche sono l'asfodelo (Asphodelus albus), che cresce solo in Vallese oltre che sul Generoso, e la peonia (Paeonia officinalis) presente in Svizzera solo su questo massiccio.

L’origine dei prati secchi
L’enorme lavoro dei contadini in passato ha avuto grandissime ripercussioni sulla biodiversità: i ripidi pendii dove prima cresceva il bosco si sono trasformati in prati secchi di grande valore, dove molte specie di farfalle, cavallette, uccelli, rettili e piccoli mammiferi hanno potuto trovare il loro spazio vitale. La vita moderna ha portato alla drastica diminuzione delle attività legate al settore primario permettendo al bosco di rioccupare gli spazi ceduti all’agricoltura. Dal profilo naturalistico sono andati perduti preziosi habitat.

Fra le presenze faunistiche quella dei mammiferi è caratterizzata da un’importante popolazione di camosci che, grazie ai reinserimenti avvenuti negli anni ’60, conta attualmente 250-300 esemplari. Ai camosci si affiancano i cervi, i caprioli e i cinghiali. Fra i mammiferi di piccole-medie dimensioni citiamo la lepre comune, il riccio, la volpe, il tasso e lo scoiattolo. Numerosi sono anche i pipistrelli, i topiragni, le talpe, topi campagnoli e selvatici, il ghiro e il moscardino.
Sul Monte Generoso sono state osservate finora 131 specie di uccelli: di cui 83 nidificanti. Citiamo l’aquila, il Codirossone, la Coturnice, lo Spioncello, il Rondone maggiore, il Sordone e il Falco Pellegrino ma anche il picchio verde, il cuculo, l’averla piccola ed il balestruccio che nidificano regolarmente sul territorio.
Anche gli insetti presentano delle specie molto rare, ricordiamo la splendida farfalla Parnassius apollo.